MBR反应器常见的结构类型分为外置式、一体式和复合式三大类。其中外置式的主要结构形式为管式膜膜组件和生物反应器分开放置，污水在生物反应器中进行生物处理，之后采用水泵加压至膜组件，在压力的作用下，混合液在膜组件中进行分离出水和回流。该反应器便于清洗、检修和更换膜组件，但是，其运行费用高，循环泵能耗高，占地面积大。
       一体式MBR反应器的主要结构为膜组件置于生物反应器内，常常采用浸没式帘式膜或平板膜组件，当污水进入到MBR反应器内时，大部分污染物均被膜组件外的活性污泥去除，之后，通过在膜组件中创造出负压环境，使得处理后的混合液通过膜组件进行计分离。由膜组件直接出水。其耗能较少，占地面积小，但容易结垢、容易堵塞。
       复合式MBR反应器主要通过对浸没式MBR反应器进行适当的改造，在形式上仍属于浸没式。其与浸没式MBR反应器的主要区别为，该类型反应器通过在生物反应区域加装填料，使得生物反应区域的微生物可以附着在填料上形成复合生物膜等，从而改变反应器的一些特性，从而取得更好的处理效果。其结构图如图3所示。
       在应用于渗滤液处理过程中的MBR膜主要有两种形式，一种是外置式管式膜，另一种是浸没式膜。